אם נמצאו בספר התורה שלוש טעויות, אין מועיל לתקן אותן בלבד, אלא צריך לבדוק ולהגיה מחדש את כל הספר, שהואיל ונמצאו בו שלוש טעויות, הורעה חזקתו, ויש לבדוק מחדש אם נכתב כהלכה (שו"ע יו"ד רעט, ג).
נחלקו הפוסקים האם החובה לבדוק את כל ספר התורה חלה דווקא כאשר נמצאו שלוש הטעויות בפעם אחת, אבל אם בכל עת שנמצאה טעות אחת מיד תקנו את הספר, כיוון שלא היו בו בעת ובעונה אחת שלוש טעויות, לא הורעה חזקתו, ואין חובה לבדוק את כולו. או שמא כיוון שכבר התברר שהיו בו שלוש טעויות, ממילא יש חובה לבדוק את כולו. ב'פתחי-תשובה' (יו"ד רעט, ז) כתב שאכן אם בכל פעם שנמצאה טעות תקנו אותה, אין חובה לבדוק את כל הספר. ורק אם נמצאו בסך הכל שמונים וחמש טעויות חובה לבדוק את כל הספר. אבל ה'אליה-רבה' (או"ח קמג, י) מחמיר שכל שנמצאו בספר התורה שלוש טעויות – חובה לבדוק את כולו.
אם באמצע הקריאה נמצאה טעות בספר, והוציאו ספר אחר במקומו, לאחר הקריאה צריכים להזדרז מיד לתקן את הספר, שאם ישכחו היכן היתה הטעות, יצטרכו להגיה את כל הספר עד שימצאו את הטעות ויתקנוה. וכל זמן שלא מצאו את הטעות, הספר פסול.