תקנו חכמים שבנוסף לקריאה בתורה יקראו בנביא בעניין הקשור למה שקראו בתורה או בעניינו של יום, ויברכו לפני הקריאה בנביא ברכה אחת, ואחרי הקריאה ארבע ברכות. וקריאה זו נקראת 'הפטרה' מלשון סיום, שבה מסתיימת הקריאה.
קריאה זו נתקנה בעקבות גזירה, שפעם אחת גזרה המלכות על ישראל שלא יקראו בתורה, וקבעו שהעובר על גזירתם יומת. וכיוון שלא גזרו על הקריאה בנביא, תקנו חכמים שבאותו הדור לקרוא בנביא במקום בתורה. ותקנו לקרוא בנביא כדרך שקוראים בתורה, בברכות ובשבעה עולים. לאחר שבטלה הגזירה וחזרו לקרוא בתורה, קבעו להמשיך לקרוא בכל שבת בנביא, ואף תקנו ברכות מיוחדות לקריאה בנביא. וכיוון שבעת הגזירה היו קוראים בנביא שבעה אנשים, כל אחד שלושה פסוקים, תקנו שהמפטיר יקרא בנביא לפחות עשרים ואחד פסוקים. ואם נסתיים העניין בפחות פסוקים, קוראים עד סוף העניין למרות שאין בו עשרים ואחד פסוקים (שו"ע רפד, א, מ"ב ב).
כדי שלא תיראה ההפטרה בנביא שווה בחשיבותה לקריאה בתורה, תקנו שהמפטיר יקרא בתחילה כמה פסוקים בתורה ואח"כ יקרא בנביא, וכך יהיה ברור שאין קריאת הנביא שקולה לבדה כנגד הקריאה בתורה. מן הדין היה אפשר שהעולה השביעי לתורה יקרא גם את ההפטרה, אך נהגו לחוש לדעה הסוברת שאין המפטיר עולה למניין שבעה. ולכן, אחר שסיימו שבעת העולים את הפרשה, אומרים חצי קדיש, ומסיימים בכך את סדר הקריאה בתורה, ואח"כ מעלים את המפטיר לקרוא כמה פסוקים בתורה, ומתוך כך הוא ממשיך לקרוא את ההפטרה בנביא.
יש אומרים שצריך לקרוא את ההפטרה מספר נביא שנכתב בדיו על הקלף, כדרך שקוראים מספר תורה כשר (לבוש). והרבה אחרונים כתבו, שאפשר לקרוא את ההפטרה גם מספר מודפס. וטוב לקרוא מספר שמודפס בו כל ספר הנביא שממנו ההפטרה, וכשאין ספר כזה, אפשר לקרוא גם מספר שמודפסים בו פסוקי ההפטרה בלבד, כמו שמודפס בחומשים שלנו (מ"א, א"ר, מ"ב רפד, א).
יש נוהגים שכל הקהל קוראים יחד את ההפטרה, אולם נכון יותר שהעולה למפטיר או החזן יקרא לבדו בנביא, והשאר ישמעו את קריאתו. ומי שירצה לקרוא עמו בלחש רשאי, ובלבד שלא יפריע לשכניו לשמוע את הקורא (עי' מ"ב רפד, יא, ובאו"ה).
בנוסף לקריאת פרשת השבוע בשחרית, תיקן עזרא הסופר שיקראו בתורה בתפילת המנחה. ומעלים לתורה שלושה אנשים, וקוראים את תחילת פרשת השבוע הבא. וכן קוראים בימי שני וחמישי. קריאה זו היא מעין הכנה והקדמה לקראת הפרשה של השבת הבאה.
אמרו חכמים, שטעם התקנה "משום יושבי קרנות" (ב"ק פב, א). יש מפרשים, מפני אותם סוחרים ובעלי מלאכה היושבים בחנויות, שלא היו באים לתפילות שחרית בימי החול, ולא היו מתכוננים לקראת הפרשה הבאה בקריאה שבימי שני וחמישי, וכדי שישמעו קריאה זו לכל הפחות פעם אחת, תיקן עזרא שיקראו אותה גם במנחה של שבת, שאז הכל פנויים (רש"י, רא"ש).
עוד פירשו, שהיה חשש שמא ישתכרו בסעודת שבת ויתבטלו אח"כ מתורה, ולכן תיקן עזרא הסופר לקרוא בתורה במנחה, כדי שמתוך הכבוד לקריאה בתורה, יתקבצו כולם לבית הכנסת ויימנעו משכרות ובטלה. ועל זה אמר דוד המלך לפני הקב"ה: רבונו של עולם, אין אומה זו כשאר אומות העולם, שכל האומות, כשעורכים סעודה, שותים ומשתכרים, הולכים ופוחזים. ואנו לא כן, אע"פ שאכלנו ושתינו, אנו באים להתפלל, שנאמר (תהלים סט, יד): "וַאֲנִי תְפִלָּתִי לְךָ ה' עֵת רָצוֹן אֱלוֹהִים בְּרָב חַסְדֶּךָ עֲנֵנִי בֶּאֱמֶת יִשְׁעֶךָ". ולכן אומרים פסוק זה לפני הקריאה בתורה (שבולי הלקט).[4]