מתפללים וקוראים קריאת שמע של שחרית עם תפילין, שנאמר בפרשת שמע: "וּקְשַׁרְתָּם לְאוֹת עַל יָדֶךָ וְהָיוּ לְטֹטָפֹת בֵּין עֵינֶיךָ" (דברים ו, ח), ואמרו חכמים: "כל הקורא קריאת שמע בלא תפילין – כאילו מעיד עדות שקר בעצמו" (ברכות יד, ב). ומכל מקום גם מי שאין לו תפילין צריך לקרוא קריאת שמע, הואיל ואלו שתי מצוות שאינן מעכבות זו את זו. ואם לא זכה לקיים מצוות תפילין, לפחות יקיים את מצוות קריאת שמע. ואינו נחשב כמעיד עדות שקר, הואיל והוא אנוס (מ"ב מו, לג; עיין לעיל יב, ט, 10).
נוהגים למשמש בתפילין של יד בשעה שאומרים: "וּקְשַׁרְתָּם לְאוֹת עַל יָדֶךָ", ובתפילין של ראש כשאומרים: "וְהָיוּ לְטֹטָפֹת בֵּין עֵינֶיךָ", ואח"כ מנשקים את היד שנגעה בתפילין (שו"ע סא, כה; ח"א יד, טו).
נוהגים להתעטף בציצית לפני תפילת שחרית, מפני שהפרשה השלישית של קריאת שמע עוסקת במצוות הציצית. ונוהגים לאחוז את הציציות ביד שמאל כנגד הלב בעת קריאת שמע, רמז למה שנאמר: "וְהָיוּ הַדְּבָרִים הָאֵלֶּה וכו' עַל לְבָבֶךָ" (שו"ע כד, ב). יש נוהגים ליטול את שתי הציציות שלפניו, ויש נוהגים לאסוף את ארבע הציציות.[9]
נוהגים לפני פרשת 'ויאמר' ליטול את הציצית ביד ימין (מ"ב כד, ד), או בשתי הידיים (כה"ח כד, ח). וכשאומרים 'ציצית' מנשקים את הציציות. וכשאומרים 'וראיתם' מסתכלים בהן, ויש נוהגים להעבירן אז על העיניים ולנשקן. וכן נוהגים לנשקן בסיום הפרשה כשאומרים 'אמת'. וממשיכים לאחוז בציציות עד "ונחמדים לעד" שבברכת 'אמת ויציב', ואז מנשקים שוב את הציציות ומניחים אותן (מ"ב כד, ד, כה"ח כד, ח, יח). ויש עוד מנהגים בזה. וכל אלו הידורים של חיבוב מצווה, אבל אינם מעכבים את המצווה.
התורה נותנת חיים ורפואה לעולם ולאדם, ובמיוחד קריאת שמע שכלולים בה יסודות האמונה וקיום המצוות. ואמרו חכמים, שיש בקריאת שמע רמ"ח (248) מילים, וכן בגוף האדם ישנם רמ"ח איברים, וכשאדם קורא את קריאת שמע כתיקונה, כל איבר ואיבר נוטל מילה אחת ומתרפא בה. אלא שבפועל יש בשלוש פרשיות של קריאת שמע רמ"ה (245) מילים, וכדי להשלים לרמ"ח, חוזר החזן ואומר "ה' אלוהיכם אמת", ובזה נשלמו רמ"ח מילים (זוה"ח רות צה, א).
המתפלל ביחידות חסרות לו שלוש מילים, וכמה מנהגים נאמרו כיצד להשלימן. למנהג אשכנז יאמר לפני קריאת שמע
"א-ל מלך נאמן". לפי ה'שולחן ערוך', יכוון בט"ו הווי"ן שפותחים את המילים הראשונות של ברכת אמת ויציב (ויציב ונכון וקיים וישר וכו'), שיש בהם רמז לשלושה שמות קדושים, והם יהיו תחליף לשלוש המילים החסרות. ולמנהג רוב הספרדים, היחיד ישלימם לעצמו ויאמר במקום החזן פעם נוספת "ה' אלוהיכם אמת". ואמנם ברור שחזרת היחיד אינה חשובה כחזרת החזן, מכל מקום יש בכך תחליף מסוים (שו"ע ורמ"א סא, ג; כה"ח טו).[10]
עוד נחלקו המנהגים כיצד ישלים החזן (ולכה"ח גם היחיד כשנצרך) מילים אלו, שכן אם יאמר פעמיים "ה' אלוהיכם אמת" יהיו לו רמ"ט מילים. לעשרה מאמרות והגר"א, החזן יאמר כשיסיים קריאת שמע רק "ה' אלוהיכם" ואח"כ יחזור לומר "ה' אלוהיכם אמת". לשו"ע ולפמ"ג, גם בפעם הראשונה יאמר 'אמת', כדי לא להפריד בין 'אלוהיכם' ל'אמת', אלא שאחד מהם אינו נחשב, מפני שהוא שייך לברכת 'אמת ויציב'. וכן נוהגים אשכנזים. והספרדים נוהגים שהחזן אומר בפעם הראשונה בקול "ה' אלוהיכם" והקהל משלים ואומר אחריו "אמת" בקול רם, והחזן אומר "אמת" הראשונה בלחש. ושוב חוזר החזן ואומר "ה' אלוהיכם אמת" בקול רם (כה"ח סא, יב).
לדעת חסד לאלפים, מנהג הספרדים שהקהל אומר בקול רם 'אמת' אחר החזן, הוא רק כאשר סיימו עם החזן, אבל אם סיימו לפניו, יאמרו לבדם 'אמת', כדי שלא להפסיק בין "אלוהיכם" ל"אמת", ושוב לא יחזרו לומר 'אמת' אחר החזן. ולכה"ח סא, יב, כשיסיימו לעצמם לא יאמרו 'אמת', אלא ימתינו עד שיסיים החזן ויענו אחריו 'אמת'.
בערבית, מי שלא שמע את החזן, לכה"ח ישלים בעצמו "ה' אלוהיכם אמת". ולמנהג אשכנזים או שיאמר לפני ק"ש "א-ל מלך נאמן" או שיכוון ב"אמת" כנגד שלוש שמות הוויה (מ"ב יב). ובמאמ"ר כתב שאין צורך כ"כ להשלים לרמ"ח בערבית, הואיל ומדין הגמ' אין צריך לומר פרשת 'ויאמר'.