נחלקו הראשונים בשאלה, האם ספירת העומר היא מצווה אחת ארוכה הנמשכת מחג הפסח ועד חג השבועות, או שבכל יום ישנה מצווה בפני עצמה לספור. לדעת בעל הלכות גדולות, ספירת העומר היא מצווה אחת ארוכה, וכפי שנאמר (ויקרא כג, טו): "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה", ולכן השוכח לספור יום אחד, הפסיד את המצווה ושוב לא יספור בימים הבאים. אולם לדעת רוב הפוסקים, הספירה בכל יום היא מצווה בפני עצמה, ולכן השוכח לספור יום אחד הפסיד את מצוות אותו היום בלבד, ולמחרת מצווה עליו להמשיך לספור בברכה (תוס', רא"ש, ריטב"א ועוד).
למעשה נפסקה ההלכה, שגם אדם ששכח לספור יום אחד, צריך להמשיך לספור, על פי דעת רוב הפוסקים הסוברים שכל יום עומד בפני עצמו. אבל יספור בלא ברכה, מפני שאנו חוששים לדעה שכל הספירה היא מצווה אחת, ומאחר ששכח יום אחד, הפסיד את המצווה, וכדי שלא להיכנס לספק ברכה לבטלה יספור בימים הבאים בלא ברכה (שו"ע תפט, ח).
וכדי שלא להפסיד את הברכה, צריכים כל אלה ששכחו לספור באחד הימים, להתכוון לצאת ידי הברכה בשמיעת החזן.
בהלכה זו בא לידי ביטוי המתח שמלווה את ספירת העומר, שכל השוכח יום אחד מנתק במידה מסוימת את השרשרת שמחברת בין חג הפסח לחג השבועות, ומפסיד את הברכה. שכן יש צורך גדול לחבר בין חג הפסח שמבטא את הלאומיות הישראלית המקודשת לבין חג השבועות שבו קבלנו את התורה, שאין תורה בלא ישראל ואין ישראל בלא תורה.
מי שהתעורר לו ספק שמא שכח לספור יום אחד, יכול להמשיך לספור בברכה, כי רק כאשר ברור ששכח לספור יום אחד חוששים לדעה שאינו יכול להמשיך לספור בברכה.
וכן מי ששכח לספור בלילה ונזכר וספר למחרת ביום, אע"פ שיש סוברים שאין יוצאים בספירה שביום, כיוון שיש סוברים שבדיעבד גם בספירת היום מקיימים את המצווה, בימים הבאים יוכל לספור בברכה.
לגבי נער שנעשה בר מצווה באמצע ספירת העומר התעורר ספק. לדעת כמה פוסקים, אף שהקפיד לספור בכל הימים, לא יוכל להמשיך לספור בברכה, הואיל ומה שספר לפני שנעשה בר מצווה אינו נחשב לרצף אחד עם מה שיספור אחר שיֵעשה גדול. אבל לדעת רוב הפוסקים, אם הקטן הקפיד לספור בכל הימים עד שנעשה בר מצווה, הרי ספירתו תמימה, וממילא יוכל להמשיך לספור בברכה, וכן המנהג הרווח.
אבל גר שנתגייר בימי ספירת העומר, כיוון שלא ספר כלל לפני גיורו, יספור מיום שהתגייר בלא ברכה.