כיוון שיסוד הכפרה הוא מאת ה' ועל פי רצונו, גם כאשר ישראל אינם חוזרים בתשובה, יום הכיפורים מגלה את הצד הפנימי הטוב שבהם, ועל ידי כך שורשי נשמותיהם מתנקים. אבל כיוון שהחטאים עוד נותרו במקומם, יש צורך בייסורים כדי לבטל את השפעתם, וזו תכלית הייסורים בעולם הזה ובעולם הבא. וככל שישראל מתחרטים יותר על עוונותיהם ושבים יותר אל ה', כך פעולתו של יום הכיפורים נמשכת ומטהרת גם את ענפי החטא, עד שאין עוד צורך בייסורים.
סגולתו המיוחדת של יום הכיפורים מתגלה על ידי מצוות היום. ראשית, יש בו שלוש מצוות שבהן הוא שווה לימים קדושים אחרים:
א) לעשותו 'מקרא קודש', כלומר לייעדו לדברים שבקדושה ולכבדו בבגדים מכובדים וסידור הבית,
ב) לשבות בו מכל מלאכה כמו ביום השבת,
ג) להקריב קרבנות מוסף בדומה לשאר המועדים וראשי חודשים.
עוד נוספו ליום הכיפורים שלוש מצוות מיוחדות:
א) תענית,
ב) לשוב בתשובה ולהתוודות על העוונות,
ג) סדר קרבנות מיוחד ליום הכיפורים.
כיום שבית המקדש חרב, עיצומו של יום הכיפורים עם התענית והתשובה, מכפרים על ישראל, ותפילות היום ובמיוחד תפילת מוסף – מהוות תחליף מסוים לקרבנות (רמב"ם תשובה א, ג; פנה"ל ימים נוראים י, יח).