בעקבות הגלויות ופיזור הקהילות נוצרו הבדלים בין נוסחאות התפילה של העדות השונות. אמנם בעיקרי התפילה, היינו במה שתיקנו אנשי כנסת הגדולה, כברכות קריאת שמע ותפילת עמידה, השינויים קלים מאוד. ואף בעיקר סדר הקורבנות ופסוקי דזמרה, שנקבעו בתקופת התלמוד והגאונים, השינויים קטנים. אבל בתוספות שנוספו בתקופת הראשונים, הן בסדר הקורבנות והן במה שאומרים בסיום התפילה, ההבדלים בין העדות נעשים בולטים יותר. כי מה שנהגו להוסיף בספרד לא בהכרח התקבל באשכנז, וכן להיפך. במיוחד הדבר בולט בפיוטים שנתחברו בתקופת הגאונים והראשונים, והוכנסו לסדר התפילה בימים הנוראים ובחגים. וכך אנו מוצאים פיוטים שונים לגמרי בסדר תפילות הימים הנוראים בין מנהגי ספרדים ואשכנזים.
וראוי שכל יהודי ימשיך במנהג אבותיו. ואפילו אם היה ידוע שנוסח מסוים מדויק יותר, ההוראה היא שכל אדם ימשיך במנהג אבותיו, כי המשכת המסורת חשובה יותר מהדקדוק הפרטני במילה זו או אחרת (ירושלמי עירובין פ"ג ה"ט).
גם במנהגי הגיית העברית יש שינויים בין העדות, הן לגבי מבטא האותיות, כמו ב'צ' ו'ק', והן לגבי הניקוד, כמו בקמץ וחולם. ועל בני כל עדה להמשיך במנהגם. ומכל מקום אם שינו יצאו ידי חובתם, שכל המסורות הקיימות בישראל בקריאת האותיות והניקוד כשרות לתפילה (אג"מ או"ח ג, ה, ואפילו בנוסח חליצה שלכל הדעות צריך לבטא את כל אותיותיו, יוצאים בכל מבטאי העדות).
כללו של דבר, לכל מנהג יתרון משלו, ואין בכוחנו להכריע איזה מנהג משובח יותר. וכן כתב בשו"ת 'חתם-סופר' (א, טו), שכל הנוסחים שווים, וזה שהאר"י חיבר את כוונותיו על נוסח ספרד הוא מפני שהיה רגיל להתפלל בו, אבל באמת אילו היה נמצא באשכנז איש כהאר"י, היה מחבר את סדר כל הכוונות לנוסח אשכנז.
ואף אם היינו יודעים שמנהג מסוים יותר מדויק, עדיין היה ראוי שבני כל מנהג ימשיכו במנהגם, מפני שגם במנהג הפחות מדויק יש ודאי נקודות טובות שאינם במנהג האחר. ורק אחר שתוקם הסנהדרין, יהיה מקום לתקן נוסח אחיד, הכולל את הנקודות הטובות שבכל המנהגים. ועדיין יהיה מקום לדגשים שונים בתוספת תפילות ובמנגינות שונות, כנגד י"ב השערים (עי' פניני הלכה תפילה ו, א), כל קהילה לפי עניינה.